女性在怀孕三个月时表现出小肚子胀痛，要考虑有以下原因所造成：一、是否有先兆流产的迹象，如果女性在怀孕三个月时表现出小肚子胀痛，呈阵发性的宫缩痛，则要注意是否有先兆流产的可能性。二、是否有孕期合并盆腔炎性疾病的可能性，盆腔炎性疾病的女性会表现出下腹坠、疼痛、腰酸、腰痛等，阴道分泌物增多等表现，如果女性在怀孕三个月时表现出小肚子持续性的坠胀不适，并伴随阴道分泌物增多，颜色变黄，甚至外阴瘙痒等表现时要考虑是否有盆腔炎性疾病的可能性。三、是否有怀孕女性表现出胃肠功能紊乱而造成的胃肠消化不良而造成的肠胃不适。四、是否有泌尿系统结石所造成的小肚子疼痛。因此当女性怀孕三个月时表现出小肚子胀痛，建议要及时到医院完善相关检查，查明原因后再对症治疗。