长时间便秘和腹泻是诱发肛裂的重要因素，大便秘结、粪便干结、排便过于用力会使肛门皮肤撕裂，所以造成肛裂的表现出。在直肠内长时间滞留的粪便还可诱发直肠病变，粪便堆积在肠道中影响血液循环，腹泻时频繁排便，肛管敏感紧缩易造成损伤，反复损伤形成慢性感染性溃疡。腹泻时肛管发生慢性炎症，纤维组织增生形成肛门输运结，妨碍括约肌松弛，使肛管容易受损伤。破裂肛腺感染是造成肛裂的另一个根本原因，感染的致病菌经腺口进入肛线、肛管、皮下组织内生成脓肿，脓肿破溃后形成肛管溃疡。小型浅部血栓因感染发生血栓静脉炎，也可致肛裂的发生。