按摩师证是由国家相关部门颁发的一种职业资格证书，它是证明持证人具备从事按摩工作的基本技能和知识的合法证件，目前，国内颁发按摩师证的部门主要有以下几个：

1、国家卫生健康委员会（原卫生部）：国家卫生健康委员会是国务院组成部门，主要负责全国卫生和健康工作的组织领导、政策制定和监督管理，其下属的中国职业技能鉴定指导中心负责全国范围内的职业技能鉴定工作，包括按摩师证的颁发。

2、国家中医药管理局：国家中医药管理局是国务院直属机构，主要负责中医药事业的管理工作，其下属的中医药职业技能鉴定指导中心负责中医药行业的职业技能鉴定工作，包括按摩师证的颁发。

3、各省市卫生健康委员会：各省市卫生健康委员会是地方政府职能部门，主要负责本地区卫生和健康工作的组织领导、政策制定和监督管理，其下属的职业技能鉴定指导中心负责本地区范围内的职业技能鉴定工作，包括按摩师证的颁发。

4、各类培训机构：除了国家相关部门颁发的按摩师证外，还有一些培训机构也提供按摩师培训和证书颁发服务，这些培训机构通常与国家相关部门有合作关系，其颁发的按摩师证在行业内具有一定的认可度。

哪个部门的按摩师证更好呢？这需要从以下几个方面来考虑：

1、权威性：国家卫生健康委员会、国家中医药管理局等国家级部门的按摩师证具有更高的权威性，因为它们是国家层面的权威机构，其颁发的证书在全国范围内具有较高的认可度，而省市级部门的按摩师证在本地区范围内具有一定的权威性，但在其他地区可能不被认可。

2、行业认可度：国家卫生健康委员会、国家中医药管理局等国家级部门的按摩师证在行业内具有较高的认可度，因为这些部门对按摩师的技能和知识要求较高，其颁发的证书能够较好地体现持证人的专业水平，而培训机构颁发的按摩师证在行业内的认可度相对较低，因为培训机构的培训质量和水平参差不齐。

3、考试难度：国家级部门的按摩师证考试难度相对较高，需要考生具备较高的专业技能和知识水平，而省市级部门的按摩师证考试难度相对较低，适合初学者报考，培训机构的按摩师证考试难度因培训机构而异，部分培训机构为了提高通过率，可能会降低考试难度。