心理咨询师证书是由国家相关部门发放的，主要是由卫生健康部门和教育部门联合管理，心理咨询师证书的发放机构主要包括以下几个部门：

1、卫生健康部门：卫生健康部门是心理咨询师证书的主要发放机构，负责对心理咨询师的培训、考核和认证工作，卫生健康部门下属的国家卫生健康委员会（简称国家卫健委）是全国卫生健康工作的主管部门，负责制定和实施卫生健康政策、法规和标准，对心理咨询师的职业发展进行规划和指导。

2、教育部门：教育部门主要负责心理咨询师的教育培训工作，包括制定培训大纲、教材和教学方法，组织和管理培训活动，对培训质量进行监督和评估，教育部门下属的各级教育行政部门和学校，如教育部、省级教育厅、市级教育局等，都有责任参与心理咨询师的培训工作。

3、专业协会：心理咨询师的专业协会，如中国心理卫生协会、中国心理学会等，也是心理咨询师证书的发放机构之一，这些专业协会主要负责制定心理咨询师的职业标准和道德规范，组织和管理心理咨询师的学术交流和技术培训，对心理咨询师的工作进行指导和监督。

4、培训机构：除了政府部门和专业协会外，还有一些专门的培训机构也参与心理咨询师证书的发放工作，这些培训机构通常与政府部门和专业协会有合作关系，共同开展心理咨询师的培训和认证工作，培训机构需要具备一定的师资力量、教学设施和教学质量保障体系，才能获得政府部门和专业协会的认可。

5、社会评价机构：社会评价机构是对心理咨询师的专业能力和服务质量进行评价和认证的第三方机构，这些机构通常由政府部门、专业协会、社会组织和企业共同组成，负责对心理咨询师的培训、考核、认证和服务进行监督和评价，社会评价机构的存在有助于提高心理咨询师的专业水平和服务质量，促进行业的健康发展。

心理咨询师证书的发放机构涉及多个部门和组织，包括卫生健康部门、教育部门、专业协会、培训机构和社会评价机构等，这些部门和组织共同参与心理咨询师的培训、考核、认证和服务工作，为心理咨询师的职业发展提供了有力的支持和保障。