在选择中医针灸理疗师证书的发证部门时，需要考虑以下几个方面：

1、权威性：我们需要选择一个具有较高权威性的发证部门，国家卫生健康委员会(原卫生部)负责全国范围内的医疗行业的管理和监督，选择国家卫生健康委员会颁发的中医针灸理疗师证书具有较高的权威性。

2、培训质量：我们需要关注发证部门的培训质量，一个好的发证部门应该具备丰富的教学经验、专业的师资队伍和完善的教学设施，在选择发证部门时，可以参考该部门的历史、口碑和学员评价等信息。

3、培训内容：我们还需要关注发证部门的培训内容，一个优质的中医针灸理疗师证书应该涵盖中医基础理论、针灸技术、推拿按摩、康复治疗等方面的知识，在选择发证部门时，可以详细了解其培训课程设置和教材编写情况。

4、培训方式：在选择发证部门时，还需要关注其培训方式，目前，中医针灸理疗师证书的培训方式主要有全日制培训、业余制培训和网络教育等多种形式，不同的培训方式可能会影响学员的学习效果和实际操作能力，在选择发证部门时，可以根据自己的实际情况和需求进行综合考虑。

5、证书认可度：我们还需要关注中医针灸理疗师证书的认可度，一个具有较高认可度的证书不仅能够提高个人的职业素质和竞争力，还有助于拓展就业和发展事业，在选择发证部门时，可以咨询业内人士和相关企业，了解其对不同证书的认可程度。

选择国家卫生健康委员会颁发的中医针灸理疗师证书具有较高的权威性、培训质量、培训内容、培训方式和证书认可度，在这个部门发证会是一个不错的选择，个人在选择时还可以根据自己的实际情况和需求进行综合考虑，以确保最终获得的证书能够满足自己的职业发展需求。