健康咨询师证书是由多个部门颁发的，具体取决于所在国家或地区的规定，健康咨询师证书通常由卫生健康委员会(原卫生部)颁发，一些地方还设有专门的健康咨询师培训机构，这些机构也会颁发相应的证书。

在其他国家或地区，健康咨询师证书可能由不同的部门或机构颁发，在美国，健康教练和营养顾问通常需要获得美国运动医学会(ACSM)或美国营养学会(AAS)颁发的认证证书；在澳大利亚，健康教练和营养顾问需要通过国家健康与健身教练认证计划(National Training Authority for Health and Fitness Instructors)进行认证。

无论在哪个国家或地区，成为一名合格的健康咨询师都需要经过专业的培训和考核，并获得相应的证书或认证，这些证书不仅可以证明个人的专业能力和知识水平，还可以提高就业竞争力和职业发展空间。