判断婴儿蛋白质过敏会不会自愈，需要视情况而定。首先是能自我痊愈的情况，如果婴儿蛋白质过敏的程度非常轻微且湿疹非常轻，也没有蛋白质过敏的家族史，过敏性肠炎症状也比较轻微，此时蛋白质过敏症状大多能够做痊愈。其次是很难够做痊愈的情况，如果婴儿蛋白质过敏非常重且有严重湿疹，以及非常明显的过敏性肠炎症状，加之存在蛋白质过敏的家族史，此时儿童的蛋白质过敏很难自愈，需要积极给予干预措施。