妇科巧克力囊肿严重不严重，主要是靠看病人临床症状，因为这个疾病主要会表现出进行性加重的痛经，如果病人痛经非常严重，严重到影响正常的工作和生活，那么就说明病人是比较严重的。如果没有这样的症状，只是B超检查出来有巧克力囊肿，那么这个就说明不是很严重，因此当病人有症状以后，需要在医生的指导下给予药物治疗，如果病人症状比较严重，还需要进行手术治疗。