无痛胃肠镜的相对禁忌症包括有明确气道困难的病人；严重的神经系统疾病病人；有药物滥用史、年龄过高或者过小；病态肥胖、排尿困难等病人。绝对禁忌症包括对镇静麻醉药过敏；有心脑肝肾功能不全的病人；孕妇、哺乳期的妇女；有上消化道感染的症状；造成窒息的疾病；严重的鼾症的人群等。