子宫腺肌症的病人部分子宫肌层中的内膜病灶和宫腔内膜是直接相连的，因此认为它是由于基底层子宫内膜侵入肌层生长所导致的。可以因为多次妊娠及分娩、人工流产、慢性子宫内膜炎等导致子宫内膜基底层损伤，和腺肌病发病密切相关。由于内膜基底层缺乏粘膜下层，内膜直接和肌层接触，使得在解剖结构上子宫内膜比较容易侵入子宫肌层。腺肌病还常合并有子宫肌瘤和子宫内膜增生，提示高水平雌孕激素刺激，有可能是促进子宫向基层生长的原因之一。