入睡时口腔中的环境比较稳定，温度、湿度适宜于细菌生长繁殖，而且唾液分泌的量会大大减少。如果口腔卫生不良，晚上不刷牙造成口腔内的食物残渣，在细菌的作用下，特别在链球菌、乳酸杆菌这类产酸菌的作用下，发酵产酸就会造成早上起床口臭。上呼吸道的感染，如鼻窦炎、慢性扁桃体炎、慢性咽喉炎等上呼吸道疾病会使呼吸道分泌含有蛋白的粘液，当蛋白分解后就会产生臭味。胃肠道功能不好，胃内食物消化不良，残留食物的味道会从食道内传出，早上起床口臭。口腔内的疾病有龋齿、牙龈炎、牙周炎、口腔黏膜病都会造成口臭。