怀孕三个月有褐色的分泌物，首先要排除先兆流产的可能性，需要卧床休息，禁止性生活，及时的到医院做妇科的B超检查，看胎儿发育的情况、胎盘的位置是否正常。如果胎儿发育正常，先兆流产需要给予保胎治疗。如果排除先兆流产的可能性，考虑是由于妇科的炎症、宫颈糜烂、宫颈息肉导致。由于怀孕后激素的改变，导致毛细血管破裂、出血，也需要给予相应的治疗，并且还要预防感染。这种情况一周后，需要再次到医院复查。