显微镜下精索静脉曲张高位结扎的手术风险主要有两方面：一是睾丸动脉损伤。二是输精管损伤。因为睾丸动脉以及静脉和输精管都是并行在一起的，进行显微镜下精索静脉曲张高位结扎手术需要将静脉分离出来结扎切断，而应当保护好动脉以及输精管，如果动脉损伤可能会造成术后的睾丸萎缩，输精管损伤会造成一侧睾丸产生的精子无法射出体外。病人在进行手术之后并发症会可能造成水肿以及精索静脉曲张复发，而显微镜手术复发率为3%左右，而水肿是最多见的并发症，发生之后绝大部分病人在1-3个月之后逐渐水肿都会消退。