怀孕三个月肚子疼首先需要看肚子痛的具体部位、腹痛的性质、有没有伴随症状，小腹疼痛尤其是阵发性腹痛多考虑和怀孕有关系，如果伴随阴道流血或者褐色分泌物，先兆流产的可能性要大一些，需要及时看医生做B超和相关检查，必要时在医生指导下给予黄体酮类药物保胎治疗。如果同时伴随尿频、尿急要排除尿路感染，可以看医生做尿常规检查。脐周痛或者右下腹痛伴随恶心、呕吐、腹泻等胃肠道症状，要考虑排除阑尾炎等胃肠道疾病。如果只是轻微的牵扯痛，也可能是怀孕以后随着子宫的增大固定子宫的韧带受到牵拉，表现出的生理性牵拉痛。