肛门上边疼痛的原因有很多，多见的有以下几种：一，如果病人误吞不可消化的物体，比如动物的骨头，大量带皮的瓜子，枣核以及药瓶等，会嵌顿于肛管部，造成肛门部疼痛。二，一些医源性的事件，比如病人行肛门镜检查时，如果动作粗暴，有时候会损伤肛管皮肤造成局部疼痛，有时置入性自慰棒比如自慰器，或者肛交时用力过猛也容易损伤肛门，造成肛门周围疼痛。还有一些多见的原因，比如消化道形成的粪石，巨大胆结石聚集在直肠肛门部表现出嵌顿，造成梗阻也会造成局部的疼痛，经过直肠指诊以及辅助检查可以明确诊断。