治疗滴虫性阴道炎，常用药物就是甲硝唑或替硝唑。用药前建议可用1：5000的高锰酸钾，将阴道内分泌物冲洗干净。或用洁尔阴、双子参洗液、红核洗液都可以，只要将阴道内分泌物冲洗干净后，在阴道内塞入药物治疗，会达到较好的治疗效果。可同时口服甲硝唑3-5天，甲硝唑可能会造成胃肠道反应，最好是饭后吃药，减轻胃肠道反应的症状。经过用药症状完全消失后，可停药3天后复查白带常规。如果滴虫已转为阴性，而且连续白带化验三次都为阴性，可停止用药治疗。