乳腺导管内乳头状瘤的主要和以下疾病进行鉴别诊断：1、以乳头溢液为主要首发症状的导管扩张症；2、乳腺炎症性疾病；3、肿瘤性病变，如以主要乳头溢液首发症状的乳腺导管癌。这需要经过以下方面进行鉴别：1、经过溢液的细胞学检查，阳性率比较低；2、经过乳腺超声检查，能够发现乳腺导管内低回声的物体，如米粒大小的肿瘤；超声除导管扩张以外，还有低回声的小肿瘤，来鉴别这种炎症和导管瘤；3、导管镜检查为比较直接的检查方式，可以直接看到肿瘤，和炎症来进行鉴别；4、钼靶检查也可以鉴别导管瘤和乳腺癌。乳腺导管打完造影剂以后，可以明显的看到乳腺导管内有个隆起，可以明确导管内乳头状瘤的诊断，此外经过拍钼靶也可以排除有钙化或者有肿块的导管癌；5、乳腺的磁共振检查，对于乳腺很小的导管内乳头状瘤鉴别意义不是太大。如果表现出导管内乳头状瘤的恶变，乳腺磁共振检查会有一定价值。