尿道口有小肉疙瘩，则可能的原因如下：1、尖锐湿疣，它往往是经过不洁的性接触而造成人乳头瘤状病毒感染导致的。感染后可以表现出尿道口、龟头等多个部位分布的小肉瘤样改变，表面不光滑，呈菜花样突起，伴随局部的疼痛、红肿或者伴随分泌物渗出等改变。需要进行局部切除后进行病理检查确诊，或者进行醋酸白试验检查来进一步确诊，确诊以后还需要进行抗病毒治疗才能避免其反复发作。2、尿道口的囊肿，多见于尿道口透亮、突起的囊性改变，其内含有液性组织，外壁较薄、质地柔软、没有疼痛感。它是一种良性病变，体积大小可随时间推移而缓慢生长，体积较大时可以影响排尿，进行手术切除术即可达到彻底治愈的效果，它也不具备性传播性。