有一部分先天性心脏病是会遗传的，包括一些肥厚性心肌病。也有一部分先天性心脏病可能跟母体在妊娠期间的病毒感染有关，因此尽量在妊娠的头三个月以内，防止上呼吸道感染和一些病毒感染，如风疹病毒、EB病毒的感染，它可能会导致胎儿的畸形。