慢性直肠炎是一种迁延不愈的疾病，很少情况下表现出不治而愈，这种疾病主要是对病因进行治疗。若是由于便秘、粪渣造成肠道损伤，造成直肠炎，要鼓励病人软化大便，尽量保持排便通畅，减轻肠道炎症损伤。若是因为感染造成的直肠炎，如阿米巴痢疾、细菌性痢疾，还有肠道血吸虫感染，主要是抗感染、抗血吸虫治疗，来缓解肠道炎症。还有一些非特异性肠炎造成的直肠炎症，可能无法经过去除病因来治疗，只能长时间用药控制肠道炎症程度，降低肠道溃疡的发生。