若是急性细菌性结膜炎，主要用抗生素眼药水，如0*3%的氧氟沙星、0*5%的左氧氟沙星、0*3%的妥布霉素以及0*3%的加替沙星等眼药水，根据病情选用一到两种，每一到两小时，滴眼一次。儿童可使用局部抗生素眼膏，并用生理盐水或3%的硼酸溶液冲洗眼睛。若是病毒性急性结膜炎，主要用抗病毒眼药水，例如更昔洛韦或干扰素等，预防细菌感染，也可以加用抗生素眼药水。病程初期不宜使用激素，到后期为减轻炎症状可同时滴激素类眼药水。