肛瘘是一种多见的疾病，得肛瘘主要是由于肛腺感染。长时间的便秘或者腹泻容易使肛窦存留粪便，肛腺管开口充血水肿，肛腺内分泌物排出不畅，因此造成感染扩散。异物刺激脓腔使炎症不易消退，分泌物不断从外口溢出，经久不愈，由于肛门括约肌纵横交错，肌肉的舒张收缩可致瘘管管腔塌陷闭合，造成引流不畅。有时局部病灶管壁纤维化、管道狭窄、引流不畅，直肠内压升高可以使肠液、细菌甚至粪便残渣注入内口，造成瘘管炎症反复发作，因此形成或者加重肛瘘。