肛门里面疼痛的原因有很多：一、如果病人有外伤史，异物侵入肛门，如果刀、枪等插入肛门、直肠，会造成肛门里面疼痛，置入肛门镜检查可以见到创口。二、如果病人肛腺、肛窦感染，沿着肛管、直肠向周围蔓延，形成直肠黏膜下脓肿或者肛周皮肤脓肿，表现为疼痛的症状特别重，行肛周彩超可以明确诊断。三、如果病人长时间的排大便干结，长时间的粪便储存于直肠，直肠下段将粪便的水分吸干形成粪石，用力排便时，干结的粪便有可能损伤肛管皮肤或者直肠黏膜，因此造成肛门里边疼痛，置入肛门镜可以明确诊断。