糜烂性胃窦炎的治疗应当尽可能的针对病因，遵循个体化的原则。如果幽门螺杆菌阳性造成的糜烂性胃窦炎，首先应当根除幽门螺杆菌，常用方案是质子泵抑制剂加铋剂加两种抗生素，疗程为10到14天，治疗完成后一个月要进行幽门螺杆菌的复查。如果服用nsaid等药物造成胃黏膜损伤者，首先应当根据病人用药物目的评估是否停用该药，如果必须长时间要服用的应当同时选用质子泵抑制剂、H2受体拮抗剂或者胃粘膜保护剂。胆汁反流也是糜烂性胃炎的一种病因，可以使用促胃动力药和结合胆酸作用的药物，增强胃黏膜屏障功能。糜烂性胃炎伴随上腹部痛和烧灼感症状者使用质子泵抑制剂，抑制胃酸分泌。以上腹部饱胀，恶心，呕吐为主要症状者，口服促动力药。在饮食方面要做到规律饮食，戒烟戒酒，减少浓咖啡，浓茶的摄入，饮食宜清淡为主。