偏头痛的病因现阶段还不是很清楚。但遗传是其中的一个原因。有六成的病人有家族史，双胞胎的病人如果其中一个患偏头痛，此外一个可能在一段时间以后也会患偏头痛。但是，偏头痛的遗传方式不是按照孟德尔遗传方式进行遗传的，而是多基因和环境相互作用的结果。偏头痛还和内分泌、代谢等原因有关，比如激素方面，和体内自身的激素、女性雌激素的水平、甲状腺功能有关等。糖尿病病人，高血糖或者低血糖的时候，也可以表现出偏头痛发作。食物因素，特别是食物添加剂，也和偏头痛有一定的关系。