幽门螺杆菌是造成慢性胃炎、糜烂性胃炎、消化性溃疡最重要的一种致病因素，当发现有这个细菌感染时，如果表现出有消化性溃疡（不管是胃、十二指肠的溃疡）都需要将其根治，此外如果胃镜检查发现有低度恶性黏膜相关淋巴组织淋巴瘤，以及早期胃癌术后都需要将其根治。如果病人表现出有糜烂性胃炎、萎缩性胃炎、病理活检发现有肠上皮化生或不典型增生时，也需要将其根治。若是老年人因为脑动脉硬化需要长时间使用非甾体类的抗炎药，也需要将其根治，此外如果病人有强烈要求将这个细菌根治者，也可以列为幽门螺旋杆菌需根治的病人。