怀孕初期孕酮低的主要原因是胚胎发育不好。女性在怀孕之后，由于精子或卵子的质量比较差，因此在怀孕之后胚胎的发育不是很好，就会带来流产的风险，这个时候就会表现出孕酮低的情况，需要在医生的指导下服用黄体酮进行保胎治疗，但并不是所有人在吃了黄体酮之后都会有效果。还有部分年龄大的孕妇卵巢功能表现出了异常，就会造成表现出孕酮低。内分泌异常也是造成孕酮低的原因。怀孕之后表现出了孕酮低，并不代表会影响到胎儿的发育，及时的给予补充，就会逐渐的恢复正常。