怀孕40天，有褐色的分泌物，提示可能是有先兆流产的可能性，建议做血hcg检查，同时做彩超检查。彩超能检测胎儿宫内发育的情况，是否有胚芽或者是有胎心搏动。同时，彩超检查可以确定是宫内孕或者是宫外孕。若是宫内孕同时伴随阴道出血，可以诊断是先兆流产。先兆流产可以采用保胎的治疗，同时需卧床休息，尽量减少活动，并且定期的到医院就诊，检查保胎治疗的效果。如果症状进一步加重或者是阴道出血增多，需住院治疗保胎。