腹泻的诊断关键是对原发疾病或病因的诊断，需从起病情况和病程、发病年龄、发病的人群、腹泻的次数和粪便性质、伴有症状和体征、常规化验特别是粪便检验中获得依据。急性腹泻应根据病史、发病季节伴有的全身症状等。首先鉴别是病毒、细菌、寄生虫等造成的感染性腹泻，还是食物中毒药物或其他疾病造成的腹泻。致病菌的明确有赖于粪便培养，一些寄生虫如贾第虫等需行肠黏膜活检。而慢性腹泻可经过病史，体检，肛门指检，大便常规培养及找虫卵和寄生虫、大便脂肪测定，消化道内镜和活检等来明确诊断。首先应明确腹泻是源于小肠还是结肠，如为小肠性腹泻，应进一步做钡餐检查、小肠镜和其他实验室检查，以确定是器质性或功能性，如属结肠性腹泻，应做结肠镜检查，观察有无肿瘤、结肠息肉、溃疡性结肠炎、克罗恩病等等。