卵巢巧克力囊肿属于卵巢子宫内膜异位囊肿，可以选择口服药物治疗，或者是手术治疗。一般囊肿在三公分以下，没有症状，可以口服药物治疗，可以口服桂枝茯苓胶囊治疗。如果巧克力囊肿比较大，需要手术治疗，可以选择腹腔镜保守性手术，保留病人的生育功能，去除卵巢子宫内膜异位囊肿。手术后要注意保养，可以口服些抗生素类药物治疗。