随着现阶段抗生素耐药的增加，根除幽门螺杆菌治疗杀菌失败的情况时有发生。如果表现出杀菌失败的情况，之前治疗应用的是三联疗法，可以升级为四联疗法，再次行一周期的根除治疗，如果之前就应用的四联疗法，杀菌失败的时候就得要调整用药的类别，尽量应用耐药性小的抗生素类药物，并再次行一周期的杀菌治疗。在新一周期治疗结束后，复查幽门螺杆菌是否有根除干净，如果仍没有根除干净，需再次调整治疗用药，直至复查幽门螺杆菌为阴性。