怀孕40天可以药物流产，但是前提必须经过B超检查，确定是在宫内怀孕，而且会看到卵黄囊的情况下，才可以做药物流产，并且在药物流产之前还要做心电图、血常规、凝血时间检查和白带化验，了解身体的基本健康情况。若是有阴道炎症的情况下，建议治愈阴道炎症之后才可以药物流产。药物流产的最佳时间是在怀孕5-7周之间，越早药流，效果会越好，因此一定把握好时间。药物流产一定在医生的指导下才可以用药，防止造成严重的后果，而造成大量出血，威胁患者的生命。