有部分女性患子宫内膜异位症仍然会怀孕的。子宫内膜异位症的女性造成的不孕症的比例高达40%，造成不孕的原因比较复杂。有盆腔微环境的改变，影响精卵的结合及运送，免疫功能的异常，造成抗子宫内膜抗体增加而破坏子宫内膜正常的代谢及及生理功能。还有可能会影响卵巢功能的异常，还会造成女性的月经失调等等。还会使女性无排卵，黄体功能不足或者是腺肌病。有部分女性患有子宫内膜异位症，甚至是腺肌病，巧克力囊肿，还是有可能会怀孕。