肛门瘙痒症的用药治疗需据造成肛门瘙痒的原因来进行选择。若肛门瘙痒是由于肛周湿疹造成的，则可就其湿疹用药。若肛门瘙痒是由于寄生虫造成的，则可使用去寄生虫的药物进行治疗。若肛门瘙痒是由于肛门分泌物如肛瘘等所造成的，则需就具体疾病情况来进行治疗。