幽门螺杆菌根除治疗后，还是有少部分病人有再感染的风险。经过呼气试验检测得出第1年幽门螺杆菌再感染率为1～2%，第2~5年幽门螺杆菌再感染率约为1～5%。幽门螺杆菌再感染取决于遗传及人群易感性、人类发展指数、口腔中幽门螺杆菌是否进入胃、家族聚集性及根治幽门螺杆菌方案选择等因素。选择更高根除率的治疗方案可以降低幽门螺杆菌的再感染率。而养成良好的卫生习惯，饭前便后洗手，不共用餐具、分餐制、家长不要对嘴喂饭，吹饭，是防止幽门螺杆菌感染和再感染的良好生活习惯。