肛瘘手术不会很痛，肛瘘手术可以在麻醉下进行，手术时病人一般不会疼痛，可以在局麻下行手术治疗，适用于低位单纯性肛瘘，瘘管位置比较低，创伤比较小，可以在局麻下行肛瘘切除术或者瘘管切开术。如果肛瘘瘘管位置比较高，可以在骶管麻醉或者腰麻下进行，可以行高位肛瘘切开挂线治疗，利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘，手术操作比较复杂，在麻醉下病人不会感觉疼痛。肛瘘手术后，由于分泌物刺激创面，有可能会造成疼痛，因此还应该积极的给予饮食调理，保持排大便通畅。