幽门螺杆菌在细菌学治愈后发生再感染的情况很少见，感染复发大多为初始感染菌株的再燃，因前一次根治不彻底。每年只有不足2%的成人会表现出幽门螺杆菌再感染。也有文献称五年再感染率低于5%。但在儿童、发展中国家和社会经济地位较低的人群中，再感染率可能更高。