龟头小便的时候疼痛也就是属于尿痛，临床上引发尿痛的疾病是非常多的，多见的有尿道炎，前列腺炎，膀胱炎，尿路结石，膀胱结石，输尿管结石。此外还有可能会存在包皮龟头炎，龟头外伤，包皮裂开，包皮系带撕裂等等，都有可能会在小便的时候表现出疼痛感。具体是哪一种原因需要去当地的公立医院面诊。根据尿常规，龟头包皮，血常规以及泌尿系统B超等等检查结果来综合判断，不同的病因在治疗方案上也存在相当大的差异。