幽门螺旋杆菌阴性，证明不存在幽门螺旋杆菌感染，不需使用抗菌药物治疗，可以根据症状进行对症治疗。如果胃酸明显，可服用抑制胃酸的药物治疗，常用药物包括奥美拉唑肠溶胶囊、雷贝拉唑、兰索拉唑和埃索美拉唑。如果腹胀明显可加入胃肠动力剂，如多潘立酮和莫沙必利片。也可用黏膜保护剂治疗，如复合铝酸铋颗粒、果胶铋等。幽门螺旋杆菌阴性，还有三种可能性：第一种、身体从未接触过幽门螺旋杆菌，因此没有感染。第二种、身体已暴露于幽门螺旋杆菌，但正常的免疫反应已成功杀死细菌，因此测试结果是阴性。第三种、幽门螺旋杆菌感染已经发生，但幽门螺旋杆菌已经过标准化的药物治疗被消除，现阶段是停药的指征。