如果应用抗生素的剂量及疗程、适应症均比较得当，对于儿童的影响微乎其微，不然如果儿童应用抗生素剂量不得当且疗程也不规范，这时对于儿童的影响往往比较大。首先，造成儿童免疫力的低下，应用抗生素以后会造成免疫功能的紊乱，造成免疫力明显偏低，尤其是长时间、多次应用抗生素的情况。其次，造成儿童发生过敏性疾病的概率增高，因为抗生素会有效杀灭儿童肠道菌群，造成肠道菌群紊乱，继而会造成过敏性疾病发生率升高，比如湿疹、过敏性鼻炎等。