卵巢巧克力囊肿是一种特殊类型的子宫内膜异位症，正常往往是指有活性的子宫内膜异位于卵巢以内，一般情况下，子宫内膜应当位于子宫腔以内，但是随着内外环境的刺激，以及一些经血逆流，有活性的内膜会在卵巢当中生长，随着每次月经的来潮，子宫内膜的脱落可以经过阴道自然的腔隙排出去，但是卵巢里面有活性的内膜，也会随着月经以后来月经，但是没有阴道这个自然的腔隙排出去，病人就会发生卵巢巧克力囊肿。当巧克力囊肿体积不大的时候，病人又有生育要求的时候，可以建议病人尽早的怀孕来抑制卵巢囊肿的生长，若病人没有生育要求，但是又不想做手术进行卵巢囊肿的切除或者是引流，可以进行药物性闭经的治疗，常用的药物，如亮丙瑞林，病人年龄较大，以前有过卵巢巧克力囊肿破裂造成剧烈腹痛的病史，建议病人进行全子宫加双侧附件切除术。