造成孩子个子矮小的主要原因有以下几个方面：第一、遗传基因的问题，如果孩子的爸爸妈妈都是比较矮小的，那么孩子的身材肯定也是矮小的。第二、宝宝长时间的慢性疾病以及消化吸收的问题，表现出这些问题的话，宝宝的消耗比较大，但是需要的能量来源又减少，造成宝宝的发育落后，造成个子矮小。第三、激素缺乏，比如说缺乏生长激素还有甲状腺功能减低等等，都会造成宝宝个子矮小的。第四、遗传代谢性方面的疾病，这一类疾病的话，现阶段治疗起来就比较困难。