空腹喝藿香正气水，一般不会产生严重的不良反应但是少部分病人空腹喝藿香正气水后，有可能会对胃肠黏膜产生刺激，造成病人表现出胃肠道的不适，有可能会表现出上腹部的不适，或者是恶心呕吐等表现。部分病人也可能会表现出大便次数，以及大便性状的改变。如果病人口服上述药物表现出了上述不良反应时，需要密切关注药物的不良反应，同时需要调整用药。必要时需要及时的停止使用该药物，可以选择其它的具有解表化湿功效的药物进行治疗。