肛门指诊是不疼的。肛门指诊是肛肠科较为多见的检查项目之一，检查时病人采取膝胸卧位或侧卧位，露出肛门和臀部，心情要放松，防止过度紧张造成肛门括约肌收紧，不利于检查进行。医生带上无菌手套在肛周和手指上涂抹润滑油，轻轻的把手指伸入肛门部位，检查肛周是否存在有结节、肿块、新生物，指诊后指套是否存在有血迹，局部触摸是否存在有疼痛，因此能够初步判定肛门存在的疾病，然后再根据具体情况，做肛门镜检查确诊疾病。