巧克力囊肿发生癌变的几率是很低的。但是有以下两种情况巧克力囊肿有发生癌变的可能，一种是有巧克力囊肿的病史，但是病人年龄比较小，属于青少年时期的女性，而且未婚未孕，这种情况下需要警惕巧克力囊肿恶变的几率。还有一种就是有巧克力囊肿的病史长达十几年或数十年，一直没有采用手术治疗或者是药物干预，这种长时间慢性的刺激之下，有可能会造成巧克力囊肿周围的组织发生增生病变。