小便时尿道口不舒服有点疼痛的原因要区分对待，男性和女性的原因不同：1、女性最多见的原因是泌尿系统的感染，如尿路感染，即膀胱尿道炎，因为女性的尿道比较短，离阴道口和肛门都比较近，很容易造成细菌的感染，此时会表现出患者排尿时会觉得尿疼，主要表现为尿道疼痛或尿道口的疼痛；2、男性尿道比较长，一般男性的尿道不容易表现出感染，但是男性的阴茎外面特殊的结构叫做包皮，包皮会盖着龟头，也会盖着尿道外口，如果包皮长期的盖着龟头和尿道外口，其里面也会滋生细菌，有的患者不仅排尿时尿道口疼，还会表现出龟头的红肿，即包皮龟头炎。对于该情况，正常建议患者翻开包皮看看，如果龟头里面很红，有些红点或者有些白色的分泌物，即包皮头炎，也会造成尿道外口的疼痛。所以排尿时尿道外口疼，最多见的原因包括泌尿系统感染，即膀胱尿道炎和男性的包皮龟头炎。