怀孕三个月表现出肚子右侧隐隐作痛，主要见于以下几种原因：第一，先兆流产，先兆流产往往会表现出下腹隐隐作痛，有些也会表现出阴道流血，表现出这种情况，建议尽早到医院完善相关检查，特别是B超检查，了解胚胎在宫内的发育情况，如果胚胎发育好，建议给予保胎治疗，如果胚胎发育不良或者表现出停育的现象，建议尽早终止妊娠。第二，右侧附件发炎或是盆腔发炎，这种情况下也会表现出肚子作痛。第三，阑尾炎，阑尾炎经常表现出转移性右下腹痛，因此在孕期也要警惕阑尾炎发生。