卵巢囊肿的治疗取决于病人的年龄、囊肿的大小、性质。正常情况下，检查卵巢囊肿最好在月经干净后3-7天，常规行阴道或者腹部的彩超检查，根据检查的初步结果，判断是生理性的黄素囊肿或者是病理性囊肿。如果囊肿比较大，超过6cm以上，这样的情况下还是建议手术。对于年龄比较大的病人，采用腹腔镜下、开腹的卵巢囊肿切除术或者附件切除术。对于比较年轻的女性，可以给予腹腔镜下卵巢囊肿剥除术。根据卵巢囊肿的性质，若是子宫内膜异位囊肿，术后要视情况给予药物，预防囊肿再次复发。