怀孕40天肚子疼应及时做超声诊断，应优先排除异位妊娠。如果确实是宫内妊娠，则可能是先兆流产。可以再次检测血液中的HCG和孕酮。如有必要可以在医生的指导下口服黄体酮或者维生素E，注意绝对卧床休息，以保护胎儿。同时禁止同房以防止因过度刺激而造成流产。此外，由于孕早期盆腔充血，有些人会感到小腹轻微疼痛和不适，只要超声波和实验室检查没有异常，就可以暂时观察。需注意休息，防止剧烈活动，尽量减少对孕妇腹部挤压和其他刺激的影响，避免病情加重。