阴茎里面总是隐隐的疼，多见的疾病如下。一，尿道炎，尿道炎病人会表现出尿道刺痒不适，尿频，尿急以及尿道疼痛，特别是在解小便的时候，疼痛会比较剧烈，病人尿道口还会有白色分泌物流出，尿道炎一般是由淋病奈瑟菌，支原体，衣原体或者滴虫感染所造成，治疗上可以取白色分泌物做培养，根据培养的结果，选择相应的消炎药治疗。二，尿道结石，当结石卡在尿道中的时候，也会造成阴茎里面隐隐的疼，可以经过做尿道彩超或者CT来确诊是否有结石，如果结石体积较小，可以经过多喝水的方法让结石自行冲出，如果结石体积较大，就得要经过手术将结石取出。